AfaSystem składa się z programu głównego oraz modułów terapeutycznych, przy czym każdy z modułów ma własne zasoby, zawierające materiał ćwiczeniowy, zdjęcia i nagrania dźwiękowe. AfaSystem działa w dwóch wersjach: terapeuty i pacjenta. Wersja dla terapeuty pozwala przygotowywać terapie w oparciu o moduły terapeutyczne, uruchamiać je, dobierać parametry ćwiczeń indywidualnie dla każdego pacjenta, eksportować, importować i analizować wyniki ćwiczeń, zarządzać bazą danych pacjentów. Wersja dla pacjenta umożliwia jedynie uruchamianie terapii ułożonych przez terapeutę.

AfaSystem jest stale udoskonalany. Powstają kolejne wersje zarówno programu głównego, jak i modułów terapeutycznych. Firma Harpo oferuje aktualizację oprogramowania przez internet. Rozwiązanie to jest oparte na instalowaniu nowych wersji programu oraz modułów terapeutycznych niezależnie od siebie. Polega na pobraniu odpowiedniego pliku z poniższej listy, rozpakowaniu go i uruchomieniu programu instalacyjnego z domyślnymi ustawieniami.